在網絡世界中，奧米加獸與梅菲斯獸交手。奧米加獸指出梅菲斯獸意欲危害數碼世界，要置他于死地，卻不慎被它逃到異次元現實世界?，F實世界里，啟人暑假為了代替父母掃墓來到沖繩，與表兄弟阿海救下了一個被數碼獸追趕的少女美波。這些數碼獸，似乎想要搶奪少女所帶的手提電腦。備受歡迎的電子寵物V-Pet背后，到底隱藏著什么陰謀？為保護美波而誕生的石獅獸，究竟有何不同尋常之處？